核酶

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义项:具有催化功能的RNA分子

核酶(ribozyme)是化学本质为核糖核酸(RNA)、具有催化功能的分子,又称催化性RNA[1][2]。1982年,科研人员在四膜虫核糖体RNA前体的加工研究中证实RNA自身即可完成剪接,改变了催化作用为蛋白质所独有的传统认识[3][4]。核酶既参与RNA的加工与成熟,也参与蛋白质合成,并在基因治疗与合成生物学中被用作工具[2][5]。

百科 图文
目录
  1. 定义
  2. 原理
  3. 发展历程
  4. 应用
  5. 局限
  6. 参见

定义

核酶是化学本质为核糖核酸、能够加速特定生化反应的分子,名称由英文ribozyme译来,该词由核糖核酸与酶两词缩合而成[6][2]。它属于生物催化剂,可通过催化底物RNA链上磷酸二酯键的断裂,在特定位置把RNA切开,从而阻断相应基因的表达[2]。核酶的作用对象既可以是其他分子,也可以是同一RNA分子中的某些区段;功能上有的切割RNA,有的切割DNA,有些还具有RNA连接酶、磷酸酶等活性[2]。

按大小和反应机制,天然核酶一般分为小核酶与大核酶两类[7]。小核酶又称核酸酶类核酶,长度多在50至150个核苷酸之间,包括锤头核酶、发夹核酶、丁型肝炎病毒核酶、Varkud卫星核酶和glmS核酶等[8][9]。大核酶则包括I型内含子、II型内含子和核糖核酸酶P,以及核糖体和剪接体等,其中II型内含子的长度可达数百个核苷酸[8]。

原理

多数核酶催化的是RNA骨架中磷酸二酯键的断裂或形成[10]。以锤头核酶、发夹核酶和丁型肝炎病毒核酶等小核酶为例,反应属于分子内转酯反应:切割位点相邻核糖的2′-羟基被活化后,沿直线方向进攻磷原子,经五配位过渡态生成产物,5′端保留2′,3′-环磷酸,3′端带有自由羟基[9][10]。在条件适宜时,部分小核酶还能催化上述反应的逆过程,把两个RNA片段重新连接起来[9]。

核酶的活性依赖其折叠形成的三维结构。晶体结构显示,发夹、锤头、丁型肝炎病毒和glmS等核酶各自以不同方式把底物嵌在活性位点裂隙中,而构成活性位点的核苷酸在原序列上往往彼此相距很远[9]。在催化过程中,核碱基可以充当广义酸或广义碱参与质子转移,金属离子则通过中和磷酸基团非桥氧上的负电荷、稳定过渡态等方式协助反应[10][7]。

发展历程

20世纪80年代初,美国科罗拉多大学的托马斯·切赫研究原生动物四膜虫核糖体RNA前体的剪接,发现去除内含子并连接外显子的过程在没有蛋白质存在时也能发生,由此判断RNA自身具有催化能力[3][4]。1982年,有关自我剪接RNA的结果正式发表[11]。为区别于传统的蛋白质酶,切赫把这类具有催化活性的RNA命名为ribozyme,中文译名定为核酶[2][4]。

与此同时,耶鲁大学的西德尼·阿特曼研究细菌的核糖核酸酶P,该酶由RNA和蛋白质两部分组成,负责剪切tRNA前体[12]。1983年,他的研究组证实除去蛋白质后,RNA部分仍能催化这一反应,说明RNA是起催化作用的亚基[12]。1989年,切赫与阿特曼因发现RNA的催化性质共同获得诺贝尔化学奖[3]。

此后新的核酶陆续被发现。1986年,在烟草环斑病毒的卫星RNA中找到了迄今最小的天然核酶锤头核酶,同年还发现了发夹核酶[8][13]。2004年,在枯草芽孢杆菌等革兰氏阳性细菌中发现了glmS核酶[13]。2014年至2015年,借助生物信息学方法又鉴定出twister、twister sister、hatchet和pistol等新型小核酶[10]。

核酶的发现也推动了对生命起源的思考,有学者据此提出RNA可能是比DNA和蛋白质更早出现的生命物质,即“RNA世界”假说[14][15]。1990年,首个通过进化方法获得的人工核酶问世,此后体外筛选成为获取具有新催化活性核酶的重要途径[16]。结构研究进一步显示,催化肽键形成的肽基转移酶中心完全由rRNA构成,核糖体本身因此被视为一种核酶[17][8]。

应用

核酶能识别底物RNA的特定序列并在专一位点进行切割,其特异性接近DNA限制性内切酶,高于一般的核糖核酸酶,因此在分子生物学中可用于定点切割RNA[1][14]。基于这一性质,人们把设计好的核酶导入细胞,通过切断病毒或肿瘤相关基因的mRNA来阻断其表达,探索用于艾滋病、肝炎、白血病等疾病的基因治疗[2][14]。

在合成生物学中,核酶因其模块化、便于按序列进行理性改造而被用作调控元件[5]。例如把RiboJ核酶插入mRNA的5′非翻译区,可使基因表达不受上游序列影响;核酶与适体结合形成的aptazyme能在配体存在时触发切割,用于构建基因线路和生物传感器,与之相关的核糖开关同样以RNA的构象变化实现调控[5]。核酶还被用于分子检测和环境分析等场景[16]。

进入临床的核酶数量有限,迄今只有两个核酶进入临床试验,一个是经过化学合成与修饰、靶向血管内皮生长因子受体mRNA的锤头核酶,另一个是把锤头核酶与TAR诱饵等元件组合、用于对抗HIV-1的载体系统[18]。总的来看,多数核酶疗法仍处于细胞和动物实验阶段[18]。

局限

与蛋白质酶相比,核酶的催化效率较低,被认为是一种较为原始的催化分子[2]。天然核酶的种类和催化范围也比较有限,除核糖体外,它们大多只能切割或连接核酸骨架上的磷酸酯键,可催化的反应类型远少于蛋白质酶[7][16]。

稳定性是核酶应用的另一难点。未经化学修饰的RNA在血清中很容易被核酸酶降解,为保持活性往往需要引入锁核酸、胆固醇等修饰,或借助纳米颗粒、脂质体等载体来提高稳定性和递送效率[19][20]。部分核酶还依赖镁离子等二价金属离子维持折叠与催化活性,glmS核酶则必须结合葡萄糖胺-6-磷酸才能起作用,这些条件限制了它们在不同环境中的适用性[19]。

作为药物使用时,核酶还必须被递送到目标器官和细胞,并在明显短于目标RNA自然半衰期的时间内把它破坏掉;靶序列可及性、正确折叠和体内脱靶切割等因素都会影响实际效果,这些都构成其走向临床的障碍[20]。

参见

  • RNA世界 —— 认为早期生命以RNA同时承担遗传信息储存与催化功能的假说,核酶是该假说的关键证据。

  • 酶 —— 生物催化剂的总称,核酶是其中以RNA为化学本质的一类。

  • 核糖核酸酶P —— 由RNA与蛋白质组成、负责加工tRNA前体的一类核酶。

  • 核糖体 —— 催化肽键形成的肽基转移酶中心由rRNA构成,核糖体因此被视为一种核酶。

  • 核糖开关 —— 通过结合小分子改变RNA构象来调控基因表达的元件,glmS核酶兼具这一功能。

  • 脱氧核酶 —— 具有催化功能的DNA分子,与核酶相对应。

参考资料

  1. 核酶-丁香实验 . biomart.cn [引用日期2026-09-29]
  2. [科普中国]-核酶 . kepuchina.cn [引用日期2026-09-29]
  3. The Nobel Prize in Chemistry 1989 . nobelprize.org [引用日期2026-09-29]
  4. Thomas Robert Cech - Show Summary Details . oxfordreference.com [引用日期2026-09-29]
  5. Collections/Functional Nucleic Acids/Ribozymes . igem.org [引用日期2026-09-29]
  6. 这道高考单选题有两个可选项,知识点是 . sohu.com [引用日期2026-09-29]
  7. Ribozymes☆ . sciencedirect.com [引用日期2026-09-29]
  8. Ribocentre . ribocentre.org [引用日期2026-09-29]
  9. Downloaded from http://cshperspectives . cshlp.org [引用日期2026-09-29]
  10. Fundamental-studies-of-functional-nucleic-acids . rsc.org [引用日期2026-09-29]
  11. Current Comments . upenn.edu [引用日期2026-09-29]
  12. NEWS . nature.com [引用日期2026-09-29]
  13. Ribozyme - Chapters and Articles . sciencedirect.com [引用日期2026-09-29]
  14. 国际RNA的基础和应用研究近况(PDF) . nsfc.gov.cn [引用日期2026-09-29]
  15. Ribozymes . biophysics.org [引用日期2026-09-29]
  16. S0734975019301521 . sciencedirect.com [引用日期2026-09-29]
  17. Ancient machinery embedded in the contemporary ribosome . nih.gov [引用日期2026-09-29]
  18. Ribozymes-and-RNA-Catalysis-Introduction-and . rsc.org [引用日期2026-09-29]
  19. _DOI: http://dx . monash.edu [引用日期2026-09-29]
  20. Chapter 30. Catalytic RNA (Ribozymes) as Drugs . sciencedirect.com [引用日期2026-09-29]
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